Según la visión de la organización Putumayo, los pueblos indígenas tienen derecho a la autodeterminación. En el marco de este derecho determinan en libertad las prioridades de su desarrollo económico, social y cultural.
La misión de la organización Putumayo es el reforzamiento de la capacidad y organización de los pueblos indígenas del Putumayo en Perú, para que puedan determinar de manera independiente la dirección de su desarrollo. Por ello, Putumayo apoya propuestas e iniciativas de las mismas organizaciones indígenas locales.