Desde el año 2005, Putumayo trabaja con las organizaciones indígenas locales de los Kichwa (FIKAPIR) y de los Secoya (OISPE) para la fortalecimiento de sus federaciones. La organización indígena FIKAPIR (Federación Indígena Kichwa del Alto Putumayo Inti Runa) agrupa a las comunidades Kichwa del Alto Putumayo. OISPE (Organización Indígena Secoya del Perú) agrupa las 8 comunidades Secoya de Perú, o sea unos 500 habitantes. Los Secoya se llaman Airo Pai, lo que signific gente del monte. Esas organizaciones protegen la integridad territorial y la identidad cultural de sus miembros. Putumayo apoya las organizaciones en lo logístico, administrativo y en cuanto al contenido.